همیشه نمی توان علت سقط جنین را تعیین کرد، اما برخی از علل شناخته شده سقط جنین در سه ماهه دوم وجود دارد، از جمله:
- مشکلات ساختاری جنین مانند اسپینا بیفیدا و نقایص مادرزادی قلب
- یک مشکل تشریحی مادر
- مشکل جفت، مانند جدا شدن جفت یا لانه گزینی غیر طبیعی
- عفونتی که باعث مرگ نوزاد می شود، مانند پاروویروس، سیتومگالوویروس یا توکسوپلاسموز
- عفونتی که باعث نشتی در کیسه آمنیوتیک یا زایمان زودرس می شود
- دهانه رحم ناتوان
- سندرم آنتی بادی آنتی فسفولیپید (APS)، وضعیتی که می تواند باعث لخته شدن خون در جفت شود و در حدود 15 درصد از افراد دارای سقط مکرر رخ می دهد.4